2020 : Pemetaan Diversitas dan Potensi Mikroba Simbiotik Spons Air Tawar Eunapius Carteri (Bowerbank, 1863) dari Sungai Porong Mojokerto, Jawa Timur menggunakan Teknologi Next generation Sequencing (NGS)

Dr.rer.nat. Edwin Setiawan S.Si., M.Sc

Year

2020

Published in

-

External link

Type

RESEARCH

Keywords

-


Abstract

Hewan spons (Filum Porifera Grant, 1836), merupakan hewan primitif yang hidup di perairan dan memiliki fungsi ekologis yang penting sebagai “filter feeder�perairan. Selain memiliki peranan ekologis, kehidupan simbiotik spons dengan berbagai mikroorganisme telah menghasilkan beberapa penemuan senyawa bioaktif atau metabolit sekunder yang berpotensi untuk dieksplorasi dan dieksploitasi dalam bidang medis untuk bahan antikanker. Namun hampir sebagian besar jenis keanekaragaman simbiotik dan senyawa metabolit sekunder yang diteliti tersebut merupakan spons yang berhabitat di laut, tidak di air tawar. Kelompok spons air tawar, jenisnya sangat minim, yakni hanya 1 persen dari grup hewan spons itu sendiri. Sehingga sampai saat ini, sangat jarang diteliti keanekaragaman jenis mikroba yang hidup bersimbiotik dengannya. Oleh karena itu, eksplorasi keanekaragaman bakteri yang bersimbiotik dengan spons air tawar, semisal di sungai Porong di Jawa Timur, perlu dilakukan untuk mengetahui diversitas mikroorganisme seperti bakteri yang berperan, berpotensi dan dapat dimanfaatkan lebih lanjut seperti senyawa metabolit sekunder dan peran ekologis dari organisme simbiotik spons air tawar tersebut. Sungai Porong dipilih karena berdasarkan data pustaka dan survei pendahuluan, spons air tawar jenis Eunapius carteri di Pulau Jawa sangat jarang dan hanya diketahui berhabitat khusus di Propinsi Jawa Barat dan Jawa Timur. Selain itu, Sungai Porong juga merupakan salah satu sungai yang penting di Jawa Timur karena merupakan salah satu sungai utama yang berperanan dalam konservasi lingkungan hidup. Next Generation Sequencing (NGS) merupakan alat mutakhir terbaru yang digunakan dalam investigasi keanekaragaman genom atau metagenomik mahluk hidup. Aplikasi penggunaan NGS dalam penelusuran diversitas bakteri simbiotik sangat relevan dan bermanfaat, karena keakuratan dan efisiensinya dalam mendeteksi jenis bakteri, terutama bakteri perairan yang tidak dapat dikultur ataupun dilacak dengan metode sederhana seperti penggunaan medium selektif serta sekuensing genomik menggunakan metode perintis dari “Sanger� Penelitian ini bertujuan untuk mengaplikasikan teknologi NGS dalam pemetaan potensi keragaman jenis bakteri simbion dari spons air tawar, khususnya dari Jawa Timur. Selanjutnya, penelitian ini dapat dilanjutkan dan dimanfaatkan dalam penelitian bidang ekologi dan bioteknologi. Nilai kebaharuan yang akan dicapai, sampai sekarang belum ada satu pustaka di Indonesia yang mempublikasikan keragaman bakteri simbion air tawar dan juga potensinya dalam bidang kesehatan ataupun bermanfaat untuk bidang lain. Untuk mencapai luaran tersebut, spons dari sungai Porong Jawa Timur akan diidentifikasi, disample, kemudian dipreparasi untuk diekstrak DNAnya untuk dipetakan jenis komposisi mikroba simbionnya dengan piranti terbaru yakni NGS. Selain mengidentifikasi keanekaragaman bakteri menggunakan NGS, isolasi bakteri simbion spon air tawar juga dilakukan untuk mendapatkan isolat bakteri yang mempunyai prospek di bidang kesehatan dan bioteknologi. Isolat bakteri tersebut akan diuji kemampuan antibakterinya dengan bakteri dari golongan Gram positif dan Gram negatif. Disamping eksplorasi ke arah antimikroba, gen pengkode senyawa trombolitik dari bakteri simbion spons air tawar juga akan dieksplorasi karena memiliki relevansi dengan masih tingginya angka kejadian penyakit infeksi dan penyakit kardiovaskular (stroke) di Indonesia saat ini. Kata Kunci: Pemetaan, Diversitas, Mikroba Simbion, Spons Air Tawar, Eunapius carteri, Sungai Porong, Jawa Timur, Next Generation Sequencing (NGS), trombolitik, Antimikroba, Bioprospeksi, Kesehatan, Bioteknologi.