2020 : Identifikasi dan aplikasi marka berbasis Real Time-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) sebagai deteksi varietas padi tahan salin

Indah Trisnawati Dwi Tjahjaningrum S.Si., M.Si., Ph.D
Mukhammad Muryono S.Si., M.Si., Ph.D

External link

Type

RESEARCH

Keywords

-


Abstract

Salinitas mempengaruhi pertumbuhan dan perkembangan tanaman dan menyebabkan produktivitas tanaman yang rendah. Salinitas dapat menimbulkan stres osmotik, ketidakseimbangan nutrisi, dan toksisitas ionik pada tanaman. Di antara tanaman sereal utama, beras (Oryza sativa) adalah yang paling sensitif terhadap stres salinitas. Salinitas merupakan salah satu kendala abiotik dalam produksi tanaman padi di Indonesia, terutama di wilayah pesisir pantai sebagai akibat adanya intrusi air laut ke wilayah daratan. Oleh karena itu, dalam rangka mendukung program ketahanan pangan, perakitan varietas padi toleran salinitas perlu dilakukan. Sampai saat ini, belum jelas profil sidik jari DNA sebagai identitas unik varietas yang toleran salin tinggi di Indonesia, dengan demikian identifikasi varietas dengan tingkat adaptasi tinggi terhadap salinitas menggunakan penanda molekuler dianggap penting. Penelitian ini bertujuan untuk menetapkan profil DNA dari Indica dan varietas padi Japonica, dan identitas unik varietas padi dengan tingkat toleransi tinggi dengan menggunakan penanda molekuler terkait dengan toleran salin. Masing masing jenis Japonica dan Indica varietas dievaluasi diuji menggunakan penanda molekuler khusus ion transport yang telah diprediksi mampu sebagai genom penanda adaptasi salin tinggi pada jenis Japonica dan Indica. Untuk mengidentifikasi fungsi gen, semua amplicon marka tersebut dikloning, ditransformasikan, disekuen, dan hasil sekuennya dianalisis homologinya dengan database genom. Profil sidik jari DNA padi diidentifikasi dengan marka gen transport toleran salin yaitu gen transport high affinity K+ (OsHKT), yang diprediksi terlibat dalam toleransi garam dengan peran sebagai faktor spesifik tanaman yang penting peranannya dalam pengaturan ion transport terhadap cekaman salin. Dalam studi ini, ekspresi kuantitatif padi dengan potensi toleran tinggi tersebut sangat berguna dalam membantu mengevaluasi karakteristik gen pada kedua tipe padi. Tujuan penelitian adalah 1) isolasi dan karakterisasi gen transport (OsHKT), cDNA gen galur padi Japonica dan Indica dan 2). analisis gen transport (OsHKT) secara kuantitatif galur padi Japonica dan Indica. Kata kunci: HKT, rice, salt tolerance, indica, japonica